Hayden Christensen dilahirkan di Vancouver, British Columbia, Kanada kepada David Christensen (seorang pengaturcara perisian Kanada) dan Alie Nelson (seorang penulish ucapan korporat Amerika). Bapanya berketurunan Denmark serta Inggeris dan ibunya berketurunan Sweden serta Itali. Hayden mempunyai tiga orang adik-beradik, iaitu seorang saudara lelaki dan dua saudara perempuan.

Dibesarkan di Thornhill, Ontario luar Toronto, Christensen menghadiri Sekolah Awam Baythorn dan juga Sekolah Tinggi Unionville di Unionville, Ontario]] Kanada yang ketika itu beliau menyertai Rancangan Seni York untuk sandiwara. Beliau "ditemui" ketika kakaknya, Hejsa, seorang bekas juara trampolin, sedang mencari-cari seorang ejen selepas mendapat peranan dalam iklan kentang goreng Pringles.